明治维新后,1871年,在启介伊藤和名古屋藩的天花疫苗接种诊所等先驱的指导下,名古屋县(原名古屋藩)成立了临时医院和临时学校以传播西洋医学和培养医生,据说这是今日名古屋大学的前身。 经过几次波折,医院和学校于1881年更名为爱知医学校, 在1903年更名为县立爱知医学专门学校,并在1920年更名为县立爱知医科大学。
1908年,第八高等学校在爱知郡呼続町(现名古屋市)正式成立。 这所学校是大学的旧教养部的前身。 1920年,呼続町还设立了名古屋高等商业学校,它是名古屋大学经济学部的前身。
在爱知县,尤其是在已成为日本领先的大都市之一的名古屋市设立综合性大学是当地人们向往多年的愿望,他们长期持续对政府施压。 1931年,爱知医科大学管理移交给国家政府,为名古屋医科大学的成立铺平了道路。 1939年,名古屋帝国大学创立,最终实现了人民的期望。 巨额的大学设立费用由爱知县的捐款承担。
名古屋帝国大学创立时设立两个学部,医学部和理工学部。 1942年,理工学部分拆为理学部和工学部。 翌年,航空医学研究所成立。 战争升级导致了名古屋被空袭,大学遭受严重破坏,直至1945年8月战争宣告结束。
在战后民主化和重建期间,1946年,航空医学研究所被废止,环境医学研究所成立。 1947年10月,校名改为名古屋大学(旧学制),然后在1948年,创设文学部和法经学部,使名古屋大学成为一所综合性大学。
1949年实施的学制改革使名古屋大学在新学制下重新开始。 新制名古屋大学下设文学部、教育学部、法经学部、理学部、医学部、工学部、环境医学研究所、空电研究所(现在的太阳地球环境研究所)。 同时,它还包括其他学校,如第八高等学校、名古屋经济专门学校(原名古屋高等商业学校),冈崎高等师范学校(1945年设立; 教育学部的前身)。 作为一所综合性大学,名古屋大学继续扩张,在1950年将法经学部拆分为法学部和经济学部,然后在1951年设立农学部,以此加强其基础。 1953年,第一个新制研究科设立。 1955年,随着医学和农学的2个研究科设立,至此为止,全校所有学部均配有对应的研究科。
尽管战后财政紧张且物资严重匮乏,教职员、学生和毕业生共同努力从战争中恢复,并着手将东山的不同学部集中在一起。 私人慈善组织在东山捐建翘首以待的讲堂和图书馆,1960年丰田讲堂竣工,它是大学的象征,而后在1964年古川图书馆(现在的古川纪念馆)竣工。 在1961年和1973年,分别成立等离子物理研究所(现在的大学共同利用机关法人自然科学研究机构核融合科学研究所)和水圈科学研究所,教育研究组织也得到扩充。
1990年以来,大学开始快速相继创设大学院独立研究科。 随后,1991年开设了国际开发研究科、1992年开设了人间信息学研究科、1995年开设了多元数理科学研究科、1998年开设了国际语言文化研究科、 2001年开设了环境学研究科、2003年开设了信息科学研究科。 同时,由于大学院重点化,既设学部改组为以研究科为中心的体制。 在学部教育体制方面,1993年教养部废止,为翌年引入四年一贯制教育铺平道路。 1993年,这一变动带来的结构改组是设立大学的第9个学部,即信息文化学部。
2004年,成为国立大学法人的名古屋大学迈出了新的一步。 然后,2005年生态社会科学研究科设立,2012年药物科学研究科设立。
截止2012年,名古屋大学设有9个学部,14个研究科、3个附属研究所和2个全国共同利用设施,实力强大并且作为国家的核心综合性大学之一而深感自豪。